Die Aufgabe der Arbeitsgruppen der Deutschen Arzneibuch-Kommission geht erheblich über die Bearbeitung des Deutschen Arzneibuchs hinaus, weil sie gemeinsam mit den Fachausschüssen im Auftrag der Deutschen Arzneibuch-Kommission die zuständige Bundesoberbehörde im Rahmen des Übereinkommens zur Ausarbeitung eines Europäischen Arzneibuchs unterstützen. Gegenwärtig bestehen die unten genannten Arbeitsgruppen. Die wissenschaftlichen Betreuer sind in Klammern genannt.