Die Aufgabe der Fachausschüsse geht erheblich über die Bearbeitung des Deutschen Arzneibuchs hinaus, weil sie vor allem im Auftrag der Deutschen Arzneibuch-Kommission die Unterstützung des Geschäftsbereichs der zuständigen Bundesoberbehörde (§ 55 AMG 3 Abs.) im Rahmen des Übereinkommens zur Ausarbeitung eines Europäischen Arzneibuchs leisten. Gegenwärtig bestehen die unten genannten Fachausschüsse. Ihre wissenschaftlichen Betreuer sind in Klammern genannt.